O Conselho de Administração (CAD) é o órgão de deliberação superior da Casembrapa. São atribuições do CAD estabelecer políticas e diretrizes, bem como aprovar os recursos e a política de pessoal da Casembrapa. Além de realizar auditorias, inspeções ou tomadas de conta e, até mesmo, apreciar os recursos administrativos contra atos da Diretoria-Executiva.

O CAD é composto por quatro membros titulares e respectivos suplentes, sendo dois membros titulares e seus suplentes representantes da Embrapa e outros dois membros e seus suplentes representantes dos associados.

Representam os associados os conselheiros indicados pelo Sindicato Nacional dos Trabalhadores de Pesquisa e Desenvolvimento Agropecuário (Sinpaf) e pela Federação das Associações dos Empregados da Embrapa (Faee).